Struktur organisasi Rumah Sakit Gigi dan Mulut Prof. Soedomo UGM adalah :
MANAJEMEN RUMAH SAKIT GIGI DAN MULUT PROF. SOEDOMO UGM
| WAKIL DIREKTUR BIDANG PELAYANAN, PENDIDIKAN DAN PENELITIAN | ||
| 1. | drg. Pingky Krisna Arindra, Sp. BMM(K) | Kepala Bidang Pelayanan, Penunjang Medik dan Keperawatan |
| 2. | drg. Nunuk Purwanti, M.Kes., Ph.D | Kepala Bidang Pendidikan dan Penelitian |
| 3. | drg. Muharani Dwi Kirana | Kepala Instalasi Rawat Jalan |
| 4. | dr. Hanni Handayani Budi Nagari | Kepala Instalasi Rawat Inap |
| 5. | Dr. drg. Maria Goreti., Sp.BM(K) | Kepala Instalasi Bedah Sentral |
| 6. | drg. Dondi Dwirekyan Maulana Gumilang | Kepala Instalasi Gawat Darurat |
| 7. | drg. Pramudya Aditama., MDSc | Kepala Instalasi Laboratorium Teknik Gigi |
| 8. | Dr. drg. Rini Widyaningrum, M.Biotech | Kepala Instalasi Radiologi |
| 9. | Sholihatun Pramudita, S. Farm., Apt | Kepala Instalasi Farmasi & CSSD |
| 10. | Anggi Attabik N, A.Md | Plt. Kepala Instalasi Rekam Medis |
| WAKIL DIREKTUR UMUM SUMBER DAYA DAN KEUANGAN | ||
| 1. | drg. Elastria Widita, M.Sc., PhD | Kepala Bagian Administrasi Umum, dan Sumber Daya |
| 3. | drg. Indah Suhertanti S.E., MMR | Kepala Bagian Keuangan |
| 2. | Artati Kartika Sari, S.E., M.M. | Kepala Sub Bagian Kepegawaian |
| 3. | Tika Noorita Sari., S.E | Kepala Sub Bagian Keuangan |
| 4. | drg. Lisdrianto Hanindriyo, MPH., Ph.D | Kepala Instalasi Sistem Informasi |
| 5. | Aryawan., ST, M.Eng | Kepala Instalasi Pemeliharaan Sarana Dan Prasarana |
| 6. | Arif Andriyanto, S.KM | Kepala Instalasi Kesehatan Lingkungan dan K3 |
| 7. | Ginting Widodo., SHG | Koordinator Hubungan Masyarakat |
| 8. | Risma Dwi Irfanto., SHG | Koordinator Kerjasama dan Akreditasi |