Sejarah pendirian RSGM UGM tidak terlepas dari sejarah Fakultas Kedokteran Gigi UGM. FKG UGM merupakan cikal bakal Universitas Gadjah Mada yang didirikan tahun 1929 sebagai Pendidikan Tinggi Ilmu Kedokteran Gigi. Setelah Indonesia merdeka, PTIKG bergabung dengan beberapa bidang keilmuan lain dan juga fakultas lain menjadi Universitas Gadjah Mada. Dalam perkembangannya kemudian FKG UGM terpisah dengan FK UGM. Sebagai wahana pendidikan dokter gigi, awalnya dibentuk poliklinik poliklinik yang berada di bawah bagian keilmuan  masing - masing. Sebagai contoh poli bedah mulut di bawah bagian bedah mulut, klinik periodonti di bawah bagian periodonti dll.  Dan pada thn 2002 RSGM resmi dibentuk berdasar SK Menkes  di bawah FKG UGM tahun 2002 . RSGM Prof. Soedomo di resmikan oleh Mendiknas pada tahun 2005 dan menjadi bagian terintegrasi dari proses pendidikan profesi dan spesialisasi kedokteran gigi di FKG UGM.  Berdasarkan SK Rektor UGM No 160/P/SK/HT/2005, RSGM Prof Soedomo adalah milik Universitas Gadjah Mada yang pengelolaannya diserahkan ke FKG UGM.